层流手术室消毒分为两种，一种是空气消毒，还有四对物品的消毒，空气消毒主要是通过净化中央空调对空气进行过滤净化。或者加装空气消毒装置，比如紫外灯管或者高压静电，对细菌病毒细胞进行固化穿刺实现消毒效果。

还有，通过高效过滤器也可以实现把病毒降低的作用细菌，它不会飘浮于空气中，它是通过附着在灰尘颗粒上，我们只需把灰尘颗粒。挡住通过过滤器阻挡灰尘的通过，就可以有效地降低了细菌，病毒的通过阻断的细菌，从而达到降低细菌数量的作用。层流手术室的消毒还有就是在对手术器材手术床地面墙板回风口等进行周期性的清洁消毒。在回风口排液需要定期，相当于正常情况，一周需要清洗消毒一次对那些手术床和刚做完手术，每天都需要进行消毒，地板墙面等。除了清洁工作外，可以用酒精不过特别需要注意，使用酒精手术时应该尽量使用酒精进行消毒，因为里面含有很多医用气体。